Do zakresu działania Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych (IN) należy w szczególności:

1. zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym stosowanie środków bezpieczeństwa fizycznego;
2. zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych, w których są przetwarzane informacje niejawne;
3. zarządzanie ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowanie ryzyka;
4. kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji, w szczególności okresowa (co najmniej raz na trzy lata) kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów;
5. opracowywanie i aktualizowanie, wymagającego akceptacji kierownika jednostki organizacyjnej, planu ochrony informacji niejawnych w jednostce organizacyjnej, w tym w razie wprowadzenia stanu nadzwyczajnego i nadzorowanie jego realizacji;
6. prowadzenie szkoleń z zakresu ochrony informacji niejawnych;
7. prowadzenie zwykłych postępowań sprawdzających oraz kontrolnych postępowań sprawdzających;
8. prowadzenie aktualnego wykazu osób zatrudnionych lub pełniących służbę w jednostce organizacyjnej albo wykonujących czynności zlecone, które posiadają uprawnienia do dostępu do informacji niejawnych, oraz osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub je cofnięto;
9. przekazywanie odpowiednio do ABW lub SKW do ewidencji osób uprawnionych do dostępu do informacji niejawnych danych o osobach uprawnionych do dostępu do informacji niejawnych, a także osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub wobec których podjęto decyzję o cofnięciu poświadczenia bezpieczeństwa, na podstawie stosownego wykazu;
10. prowadzenie innych spraw z zakresu ochrony informacji niejawnych przypisanych Pionowi Ochrony i temu stanowisku na podstawie odrębnych przepisów prawa.